Tuy cùng cấp hạt, nhưng chính quyền của các khu đặc biệt được trao nhiều chức năng hành chính hơn so với các thị trấn và xã, nhưng kém hơn so với các thành phố. Vài điểm tiêu biểu là khu đặc biệt không đảm nhiệm dịch vụ cung ứng nước sạch, điều hành cống rãnh hay cứu hỏa.

Từ năm 1947 đến 1952, khu trưởng - người đứng đầu chính quyền các khu đặc biệt - là do chính quyền đô Tokyo bổ nhiệm. Tuy nhiên, từ năm 1952 trở đi, khu trưởng là do cư dân trong khu bầu lên.